Нікіта за свої злочини була змушена працювати на секретну урядову організацію, але коли від неї вирішили позбутися, змогла втекти від переслідування і зачаїтися. Три роки їй довелося ховатися, але цьому її навчили добре, так що ніхто її не знайшов. І весь цей час Нікіта мріяла про викриття і знищення тієї організації, яка відняла у неї минуле і мало не позбавила майбутнього. Зате Нікіта навчилася виживати в будь-яких умовах, перетворилася на справжню машину вбивства, і тепер її лють цілком спрямована на тих, хто мав необережність зробити її такою.

А тим часом управління продовжує свою чорну діяльність. Секретна організація є нічим іншим, як службою щодо усунення тих, хто неугодний уряду. З числа молодих злочинців, засуджених до смерті, сюди набирають тих, хто буде виконувати будь-які накази командирів і не замислюватися ні про що. Такою колись була і Нікіта, але голос її совісті ніколи не вщухав. Один з новобранців секретного управління починає здогадуватися про причини, за якими вирішила тікати звідси легендарна дівчина на ім'я Нікіта.